โรงเรียนธนินทรวิทยาได้จัดการเรียนการสอน โดยยึดหลักสูตรการศึกษาปฐมวัย สำหรับนักเรียนชั้นอนุบาล และหลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐาน สำหรับนักเรียนระดับชั้นประถมศึกษา ของกระทรวงศึกษาธิการเป็นสำคัญ นอกจากนั้นโรงเรียนยังมีหลักสูตรของสถานศึกษา หรือของโรงเรียนธนินทรวิทยาโดยเฉพาะ เพื่อที่จะจัดการศึกษา ให้สอดคล้องกับความต้องการของผู้เรียน ผู้ปกครอง และชุมชนอีกด้วย

• หลักสูตรพิเศษ Intensive English Program ระดับชั้นอนุบาล (สามารถเลือกเรียนได้)  โดยเรียนภาษาอังกฤษอย่างเข้มข้นกับครูต่างชาติ จากสถาบันภาษา Speak Eazy จำนวน 5 ครั้งต่อสัปดาห์ หรือเรียนวันละ 1 คาบทุกวัน

• หลักสูตรพิเศษ Intensive English Program ระดับประถมศึกษาปีที่ 1-6 (สามารถเลือกเรียนได้) โดยเรียนภาษาอังกฤษอย่างเข้มข้นกับครูต่างชาติ จากสถาบันภาษา Speak Eazy จำนวน 3 ครั้งต่อสัปดาห์ และเรียนไวยากรณ์อังกฤษ จากคุณครูไทย วิชาเอกภาษาอังกฤษ อีก 3 ครั้งต่อสัปดาห์

        นอกจากนั้นยังมีกิจกรรมเสริมหลักสูตรที่เลือกเรียนเพิ่มเติมได้ เช่น ภาษาจีน เทควันโด และอื่นๆอีกหลายอย่าง โดยคิดอัตราค่าเรียนย่อมเยาที่สุด เมื่อเทียบกับอัตราค่าเรียนเสริมหลักสูตรของสถานศึกษา และสถาบันอื่นๆ และระดับประถมศึกษาปีที่ 4- 6 สามารถเลือกเรียนภาษาอังกฤษกับครูต่างชาติได้ สัปดาห์ละ 1 ครั้ง รวมทั้งกิจกรรมเสริมหลักสูตรอื่นๆ

  ชั้นเรียนที่เปิดสอน

• แผนกอนุบาล  : ชั้นเรียนเนอร์สเซอรี่, อนุบาล 1-3 (อายุ 1.6 - 6 ขวบ) / ชั้นอนุบาล 1 รับตั้งแต่ 2.6 ขวบ (หากนักเรียนผ่านการทดสอบว่ามีความพร้อมเพียงพอ)

• แผนกประถมศึกษา  : ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1-6 (อายุ 7 ปี - 12 ปี)

หมายเหตุ ศิษย์เก่าอนุบาลธนินทร และธนินทรวิทยา ที่จะเรียนชั้นอนุบาล 1 และประถมศึกษาปีที่ 1 จะได้รับสิทธิพิเศษบางประการ เช่น ไม่ต้องสอบคัดเลือก ได้รับอภินันทนาการเครื่องแบบนักเรียน และกระเป๋านักเรียนฟรี เป็นต้น