โรงเรียนธนินทรวิทยาได้จัดการเรียนการสอน โดยยึดหลักสูตรการศึกษาปฐมวัย สำหรับนักเรียนชั้นอนุบาล และหลักสูตรการศึกษาขั้นพื้นฐาน สำหรับนักเรียนระดับชั้นประถมศึกษา ของกระทรวงศึกษาธิการเป็นสำคัญ นอกจากนั้นโรงเรียนยังมีหลักสูตรของสถานศึกษา หรือของโรงเรียนธนินทรโดยเฉพาะ เพื่อที่จะจัดการศึกษา ให้สอดคล้องกับความต้องการของผู้เรียน ผู้ปกครอง และชุมชนอีกด้วย
- หลักสูตรพิเศษ Intensive English Program ระดับชั้นอนุบาล (สามารถเลือกเรียนได้) โดยเรียนภาษาอังกฤษอย่างเข้มข้นกับครูต่างชาติ จากสถาบันภาษา Speak Eazy จำนวน 5 ครั้งต่อสัปดาห์ หรือเรียนวันละ 1 คาบทุกวัน
- หลักสูตรพิเศษ Intensive English Program ระดับประถมศึกษาปีที่ 1-5 (สามารถเลือกเรียนได้) โดยเรียนภาษาอังกฤษอย่างเข้มข้นกับครูต่างชาติ จากสถาบันภาษา Speak Eazy จำนวน 3 ครั้งต่อสัปดาห์ และเรียนไวยากรณ์อังกฤษ จากคุณครูไทย วิชาเอกภาษาอังกฤษ อีก 3 ครั้งต่อสัปดาห์
นอกจากนั้นยังมีกิจกรรมเสริมหลักสูตรที่เลือกเรียนเพิ่มเติมได้ เช่น ภาษาจีน เทควันโด และอื่นๆอีกหลายอย่าง โดยคิดอัตราค่าเรียนย่อมเยาที่สุด เมื่อเทียบกับอัตราค่าเรียนเสริมหลักสูตรของสถานศึกษา และสถาบันอื่นๆ และระดับประถมศึกษาปีที่ 4- 6 สามารถเลือกเรียนภาษาอังกฤษกับครูต่างชาติได้ สัปดาห์ละ 1 ครั้ง รวมทั้งกิจกรรมเสริมหลักสูตรอื่นๆ
ชั้นเรียนที่เปิดสอน
- แผนกอนุบาล : ชั้นเรียนเนอร์สเซอรี่, อนุบาล 1-3 (อายุ 1.6 - 6 ขวบ) / ชั้นอนุบาล 1 รับตั้งแต่ 2.6 ขวบ (หากนักเรียนผ่านการทดสอบว่ามีความพร้อมเพียงพอ)
- แผนกประถมศึกษา : ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1-6 (อายุ 5.6 ปี - 12 ปี)
หมายเหตุ ศิษย์เก่าอนุบาลธนินทร และธนินทรวิทยา ที่จะเรียนชั้นอนุบาล 1 และประถมศึกษาปีที่ 1 จะได้รับสิทธิพิเศษบางประการ เช่น ไม่ต้องสอบคัดเลือก ได้รับอภินันทนาการเครื่องแบบนักเรียน และกระเป๋านักเรียนฟรี เป็นต้น